전세계 최고의 레이더들 마저 실패한 알렉산더 대왕의 유물 발굴에 흥미를 갖게 된 라라 크로프트. 그리스 에게해(海)에 숨겨져 있는 유물을 찾기 위해 대원들과 떠난 라라는 심연 속에서 호흡을 자유자재로 하며 물 위를 유영(遊泳)하는 신비한 경험을 하게 된다. 그리고 마침내 신비한 빛을 발하는 검은 구슬을 발견하게 되지만, 어디선가 나타난 정체 모를 괴한들에게 구슬을 빼앗기고, 대원들 마저 살해를 당하고 만다.
별장으로 돌아온 라라는 루나 신전에서 찍은 비디오 자료를 분석한다. 비디오에 담긴 신비한 구슬의 모습과 구슬이 있던 자리에 그려져 있는 참혹하게 죽은 군인들의 그림에서 라라는 심상치 않는 기운을 느낀다. 그러던 중 그녀에게 영국 비밀 첩보기관인 MI6가 찾아와 라라의 대원들을 살해한 ‘첸’이라는 마피아 단원과 화학무기로 세계를 정복할 음모를 꾸미고 있는 라이스 박사가 그 배후에 있음을 알려준다.
MI6는 라라에게 라이스 박사가 훔친 신비의 검은 구슬에 얽힌 비밀을 풀고 그의 음모를 막아 달라는 요청을 한다. 그러나 라라는 요청을 받아들이기 앞서 엄청난 조건을 제시하는데…라라는 한 때 MI6 이었지만 조직을 배신하고 아프가니스탄의 감옥에 투옥 중이자 자신의 연인이었던 테리와의 동행을 요구한다. 주변의 만류에도 불구하고 라라는 적군일지 아군일지 모를 테리를 감옥에서 빼내 불안한 동행을 시작하게 되는데…
구슬을 훔친 첸의 소굴로 향하는 라라와 테리 일행의 목숨은 라이스 박사에 의해 시시 각각 조여오고… 게다가 테리에 대한 라라의 마음은 점차 혼란을 더해가기만 한다. 마침내 검은 대륙, 마의 신비에 둘러 쌓인 아프리카에 도착한 라라 크로프트 일행. 하지만 전설 속에 봉인된 거대한 파괴의 힘마저 이들을 가로 막고. 라라는 과연 신비의 검은 구슬을 찾아 봉인된 비밀을 풀고 ‘판도라의 상자’를 찾을 수 있을까?
