서기 2065년… 몇 차례 획기적인 과학혁명을 통해 엄청난 발전을 이룩한 지구는 어느 날, 보이지 않는 에일리언들의 공격으로 엄청난 혼란을 맞게된다. 에일리언들이 몰고 온 수많은 운석들이 지구를 뒤덮어 빛을 차단한 가운데 보이지 않는 수많은 에일리언들은 지구상에 존재하는 모든 생명체로부터 에너지를 빼앗고 모든 과학시설을 파괴하며 인류의 멸종을 위한 전쟁을 벌여 나간다. 하루가 다르게 지구는 황폐해져가고 수천 만 명의 인간들이 에일리언들의 먹이가 된다.
이에 이들의 첫 공격에서 살아남은 소수의 인간은 보다 조직적인 저항을 하기 위해 첨단 장비와 강력한 무기를 가진 소규모의 레지스탕즈 ‘DEEP EYES”를 만들고 과거의 전쟁영웅 ’그레이‘(알렉 볼드윈)를 캡틴으로 임명해 보이지 않는 적과 맞서기 시작한다. ‘시드’박사(도널드 서덜랜드)의 신 발명품으로 에일리언의 모습을 감지할 수 있게 된 레지스탕즈는 조금씩 적들을 제거해 나가지만 이미 지구의 모든 부분을 점령한 에일리언을 감당할 수 없게 된다.
한편, 지구에 나타난 정체불명의 에일리언들을 연구해 나가던 여성 과학자 ‘아키’(밍-나)는 에일리언들의 언어코드를 깰 수 있는 법을 밝혀 내고 지구상에 존재하는 제7의 영혼만이 에일리언들에게서 지구를 구할 수 있는 유일한 방법임을 알게되면서 지구상에 남아있는 생명의 근원을 찾아 여기저기 위험한 모험을 감행한다.
그러던 중, 위기에 몰린 ‘아키’는 레지스탕즈의 영웅 ‘그레이’ (알렉 볼드윈) 와 그의 팀에게 도움을 받게되고 ‘아키’는 자신만이 알고 있는 힘의 비밀을 ‘그레이’ 에게 말하고 도움을 요청한다. 그녀의 끈질긴 설득에 결국 ‘그레이’와 그의 팀은 아키’와 함께 힘의 근원을 찾아 모험을 떠나는데…
그들을 향한 보이지 않는 적들의 공격은 더욱 거세어만 간다.
