다카 숲과 스즈가 숲, 두 무리로 나뉘어 살던 너구리들은 도쿄의 개발 계획인 뉴타운 프로젝트로 인해 그들의 숲이 파괴되자, 이에 대항하기 위해 중지되어 있던 변신술의 부흥과 인간연구 5개년 계획을 추진하기로 합의한다. 또한 시코쿠(四國)와 사도(佐渡) 지방에 살고 있는 전설의 장로 등에게도 지원군을 청하기로 하고 가위, 바위, 보 시합을 통해 특사를 보낸다.
너구리들은 외부의 지원군이 오기를 기다리며, 변신술을 이용한 게릴라 작전으로 인간들의 개발 계획과 공사를 방해하지만 결국 뉴타운 개발 계획 저지에는 효과가 거의 없다는 사실을 깨닫게 된다.
이 때, 그토록 기다리던 전설의 장로 너구리 셋이 시코쿠 지방에서 온다. 시코쿠의 세 장로는 너구리 변신학을 집대성한 [요괴대작전]을 실행할 것을 선언한다. 이 작전은 인간들로 하여금 다시 너구리에 대한 존경과 경외심을 품도록 함으로써, 뉴타운 개발 계획을 백지화하도록 하려는 것이다.
자! 과연!! 이후, 이들의 작전은 어떻게 진행될 것인가?!
