제시와 윌리의 마지막 만남 이후 2년의 세월이 흐르고, 둘은 각자 성장의 고통을 느끼고 있다. 물론 식인 고래와 인간과는 많은 차이점을 지니고 있지만 비슷한 어려움을 겪고 있는 것이다. 윌리는 말안듣는 동생들을 돌봐야 하고, 제시는 어머니의 사망 소식과 함께 갑자기 나타난 엘비스라는 이름의 수다장이에다 허풍장이 의붓동생과 싸워야 했다.
제시의 양부모는 엘비스를 캠프에 함께 데려가고, 제시와 윌리는 태평양에서 다시 만나 예전에 함께 나누었던 신비로운 이해와 우정을 나눈다. 그러나 행복한 재회도 해안에서의 기름유출 사고로 윌리 형제들과 어머니가 서로 헤어지게 되면서 위협받게 된다. 제시와 랜돌프, 그리고 네이단은 기름을 흠뻑 뒤집어쓴 윌리의 여동생을 구해야 하는데,화가 난 윌리는 여동생의 주위를 맴돌며 의료진의 접근을 막는다.
이제 제시가 예전의 신뢰와 믿음에 의지해 윌리 형제들을 어머니의 품으로 되돌려 주어야 한다. 윌리를 구하기 위해서 제시는 자신이 위험을 감수해야 하는데…