아름다운 나무숲이 울창한 이태리의 어느 시골 마을에 살고 있는 나뭇꾼이자 나무 인형 제작자인 제페토(마틴 랜도). 어느날 깊은 계곡이 있는 숲에서 제페토는 통나무를 발견하여 자신의 수레에 싣고 돌아와 나무를 깍아 인형을 만들기 시작한다. 그는 완성된 인형의 이름을 피노키오(조나단 테일러 토마스)라 짓는다.
이 꼭두각시 인형은 매우 특별했다. 왜냐하면 피노키오는 다른 인형들처럼 끈에 매달리지도 않고 걷고 말하고, 생각할 줄 아는 장난꾸러기 꼭두각시 인형이었기 때문이었다. 피노키오는 나무로 만들어졌다는 것 말고는 다른 소년들과 하나도 다를 것이 없었다.
피노키오는 즉시 사악한 인형극장 주인인 로젠지니(우도 키에르)의 눈에 띄게 되고, 어쩔 수 없이 제페토는 피노키오를 로젠지니에게 넘기게 된다. 피노키오는 자신이 제페토의 진짜 아이가 아니기 때문에 로젠지니게게 넘겨진다는 사실을 뼈아프게 인식하게 된다.
로젠지니에게 넘겨져 그의 인형극단에서 인기를 한 몸에 누리게 된 피노키오. 피노키오는 인기스타가 되고 이런 화려한 생활에 만족한다. 그러나 피노키오의 유일한 동무이면서 그를 언제나 바른 길로 인도해 주는 등불인 귀뚜라미 페페는 그에게 제페토에게 돌아가라고 충고한다.
그 때부터 아버지를 찾아 떠나는 피노키오의 모험은 시작되고산으로 바다로 고래의 위장속으로 헤매던 끝에 드디어 아버지를 만난 피노키오는 기쁨의 눈물을 흘리게 된다. 이 눈물속에서 피노키오의 기적은 이루어지는데…
