서기 2029년 지구에서 쏘아 올려진 우주 정거장에서는 인류의 종의 기원을 밝히기 위한 연구가 진행중이다. 인간들은 훈련 받은 침팬지를 이용 그 비밀을 밝힐 소 우주선을 은하계로 내려 보낸다. 침팬지를 태운 소 우주선이 우주 정거장의 레이더에서 사라지자 , 공군 대위 레오 데이비슨(마크 월버그 분)이 긴급 출동 한다. 잠시 후, 레오가 탄 우주선 계기판이 작동을 멈추고, 레오가 두 개의 태양을 보는 순간 이상한 힘에 이끌려 우주선은 이름 모를 행성의 늪지대에 추락한다.
레오가 도착한 행성은 원시의 모습을 가지고 있는 암울한 곳으로 그곳에 살고 있는 인간들은 유인원에게 길들여져, 멸시당하고 하등 동물 취급 받는 노예와 같은 비참한 생활을 하고 있었다. 인간을 말살해 버리려는 사악한 지도자 테드(팀 로스 분), 모두가 공존해야 한다는 평화주의자 아리(헬레나 본햄 카터 분) 그리고 속박과 억압에서 독립하려는 인간들, 이제 레오는 미래인지 과거인지도 모르는 시간, 그리고 은하계의 어느 행성인지도 모르는 미지의 세계에서 인류의 과거에 대해 숨겨져 있던 놀라운 비밀을 발견하게 되면서 절대 절명의 위기에 서게 된다.
