기원전 3만 5천년전의 미국 북부 텍사스. 두 명의 원시인 사냥꾼이 얼음동굴에서 괴생물체를 본 후, 피맺힌 절규를 터뜨리며 죽어간다. 그후 1998년 텍사스, 몇몇의 소년들이 동굴을 발견하고 한 소년이 동굴 안으로 들어 간다. 그 소년은 해골로부터 흘러나오는 바이러스에 감염되고 이 지역은 삼엄한 감시하에 놓이게 된다. 그로부터 일주일 후, 달라스 근교의 연방빌딩에서 엄청난 폭발사건이 일어난다.
이 사건을 조사하던 멀더와 스컬리는 이 사건이 거대한 세력과 연관되어 있다는 사실을 감지한다. 또한 멀더는 이 사건이 인류를 전멸시키기 위한 치명적인 외계 바이러스의 연구를 숨기기 위해 일부러 꾸민 음모라는 사실을 알아낸다.
한편, 멀더와 정부의 음모를 파헤치던 스컬리는 외계 바이러스에 의해 감염된 벌에 쏘이고 의문의 사나이에게 납치된다. 그녀를 구하려던 멀더조차 총을 맞고 쓰러지는데…
