은빛 돌덩이와 의문의 학자 솔로몬 프랑크푸르트의 아이보리 연안에 뜻을 알 수 없는 기이한 기호들이 적혀있는 은빛 돌덩어리가 떠내려온다. 이상한 기운에 휩싸인 학자 솔로몬이 예전에 자신이 갖고있던 조각과 이를 맞쳐보자 돌덩어리는 톱니바퀴 맞물리듯이 꼭 들어맞는데다 사정없이 돌아가기 시작한다. 3일 후, 생물 연구소의 산도스를 찾아간 솔로몬은 비밀리에 이 조각을 보여주는데 그 순간 갑자기 연구소의 원숭이들이 괴성을 지르기 시작한다.
며칠 후 솔로몬은 시체로 발견되고 이 사건을 추적중이던 멀더는 솔로몬이 남긴 메세지를 읽게 되는데 이상하게도 멀더는 점차 시야가 가려질 뿐 아니라 시름 시름 앓게 된다. 그 의문의 덩어리가 에이리언과의 유전자조직이라는 것이 밝혀질 수록 멀더는 더욱 이성일 잃어가고 스컬리도 아무런 방법을 찾지 못하는데..