대서양에서 괴비행물체가 발견된 후, 이를 TV로 지켜보던 한 의사가 쫒기듯 달아나다가 살해된다. 이때 실종된 의사의 행방을 뒤쫒던 멀더는 집에서 어린시절 행방불명이 된 여동생 사만다를 만나게 되고 그가 찾고 있던 의사가 킬러 외계인에게 추적당하고 있다는 사실을 알게 된다. 그는 지구상에 있는 다른 외계인을 차례로 암살하는 임무를 지니고 있으며 매순간 다른 사람의 모습으로 둔갑한 채 살인을 저지르고 있다는 것이다.
그 후 죽기전에 의사가 남긴 가방을 조사하던 스컬리는 비밀창고에서 진행중이던 외계인 실험을 알아내고 외계인 킬러에게 쫒기게 된다. 마침내 멀더의 모습을 하고 스컬리 앞에 나타난 외계인 킬러. 스컬리를 납치한 그는 멀더의 동생 사만다와의 교환을 제안하는데….
