극비의 연구소에서 에이리언 해부실험을 하던 연구원들이 무장군인의 습격을 받는다. 이로 인해 연구원들은 모두 살해되고 실험대 위에 있던 에이리언은 사라지고 만다. 비밀리에 이 사건을 조사하던 FBI의 멀더와 스컬리는 실험실의 자동 녹화 테이프를 보다가 사건의 배후에 군과 정부가 깊숙히 개입되어 있다는 사실을 알게 된다.
멀더는 삼엄한 군사경계 속에 둘러쌓인 한 창고에서 현장수사를 펼치던 중 갑자기 들이닥친 군인들을 피해 도망치다 신비로운 물건을 발견하게되는데…
