어느 날, 국방부의 컴퓨터에 침입해 들어간 한 무정부주의자가 UFO파일에 관한 일급비밀을 입수해 멀더에게 전해준다. 그러나 그 파일은 암호코드로 적혀 있어서 내용을 알아볼 수가 없다. 그 때, 이 사건과 관련된 멀더의 아버지가 괴한에게 살해당하고, 멀더는 X-파일의 비밀을 알고 있다는 이유때문에 보이지 않는 권력조직에게 목숨을 위협받게 된다. 파트너인 스컬리는 그를 변호하려고 상부에 거짓말을 하고, 암호코드를 해독할 수 있는 사람을 찾아 다닌다.
한편, 멀더는 멕시코의 한 사막에서 사건현장을 목격한 인디언을 만나 땅속에 은폐되어 있던 외계인의 유골들을 발견한다. 그리고 암호를 해독해낸 스컬리에게서 외계인 생체실험에 관한 파일의 내용을 전해 듣는다. 그 순간, 군부대의 헬기가 나타나 멀더를 현장에 남겨둔 채로 폭탄을 투여하는데….
