에이리언으로 변해 불멸의 생명력을 지닌 빌리가 에이리언 수정실험을 했던 박사들을 연쇄살해하고, 박사들의 도움으로 임신한 스컬리를 노린다. 이에 스컬리는 레예스 요원과 함께 폐허가 된 마을로 숨는다. 얼마 후 스컬리를 쫓다가 추락사해 검시실로 실려온 빌리가 다시 살아서 도망친다. 그 모습을 비디오를 통해 확인한 크라이첵은 빌리가 인간을 대체하게 될 신종 에이리언이라고 말한다.
한편, 멀더와 도겟의 추적을 따돌린 빌리는 스컬리의 은신처를 파악하고, 출산을 앞둔 그녀 앞에 나타나는데…
