평범하고 착하지만 어딘지 소심한 남자 조엘과 화끈한 기분파지만 따뜻한 여자 클레멘타인. 둘은 서로 다른 성격에 끌려 사귀게 되지만, 서로에게 이끌리게 했던 그 성격 때문에 점점 지쳐간다.
심한 말다툼 후, 조엘은 클레멘타인에게 사과를 하러 찾아가지만, 클레멘타인은 마치 조엘을 처음 본 사람처럼 냉담하게 대한다. 상처받은 기억만 지워준다는 라쿠나 사에서 그녀가 자신과의 모든 기억을 지워버렸다는 것을 알게 된 조엘은 절망에 빠져 자신 역시 그녀에 관한 모든 기억을 지우기 위해 라쿠나를 찾는데…
하지만 하나 둘 그녀와의 기억을 지워갈수록, 그녀의 머리색깔도, 그녀의 웃음도… 그녀의 모든 것이 사랑스럽기만 하고, 함께한 소중한 순간들, 그리고 첫 키스, 첫 데이트, 첫만남까지 행복했던 순간들이 눈앞에 살아 나는데…