강한 카리스마로 팀원들에게 존경의 대상이 된 부팀장 강민식과 매사에 철저한 엘리트 장교 팀장 유성준을 중심으로 모두들 개성 강한 팀원으로 구성되어있는 A팀은 여러 작전을 수행하면서 목숨을 지켜준 서로에게 가족 이상의 전우애를 느낀다.
테러 진압, 인질 구출 등 국가의 안보를 위협하는 모든 범죄에 투입되어 많은 공을 세운 A팀에게 국가는 어떤 상부의 지시 없이 A팀 스스로 작전을 수행할 수 있는 특별 명령권을 부여한다. 이로 인해 오탄 중령 이하 A팀은 절대적인 작전 권한을 갖게되고 군 계통 수뇌부는 자신의 명령을 받지 않는 A팀에 대한 좋지 않은 시선을 보내게 되지만 A팀의 탁월한 작전 수행 능력 때문에 쉽게 조치를 취하지 못한다.
그러던 어느날 대사관 인질 구출 작전 수행 중 팀장 유성준이 부상을 입게 되고, 작전 종료 후 A팀을 잠시 떠나 병원에서 치료를 받게 되면서 강민식에게 임시 팀장의 권한이 주어진다.
어느날 국방과학연구소는 신무기 개발프로젝트 및 신 미사일 개발 설계도 등 국가 일급 기밀을 탈취 당하게 되고 군 첩보부는 조사에 착수하게 된다. 첩보부는 탈취 사건의 초점을 일단 군내부로 돌리고 독자적인 수행권을 갖고 있는 A팀을 첫 번째 표적으로 지목하게 되는데…
