외부와 일체 단절된 채 고립되어 사는 살인 청부업자 레옹(장 르노)은 어느날 자신의 아파트에서 마약 조직원들에 의해 일가족이 몰살당하는 일을 목격한다. 그와 동시에 일가족이 몰살당하는 장면을 목격하는 그 집 딸 마틸다를 구해 준다. 이웃집 소녀 마틸다(나탈리 포트만)는 아버지가 거대한 마약 조직의 심부름을 하다가 마약을 일부 빼돌린 것이 들통나 이에 앙심을 품은 마약 조직이 그와 그의 가족을 몰살하러 온 것이라는 사실을 알고 복수심을 불태운다.
가족을 잃고 갈 곳이 없는 마틸다는 레옹에게 함께 지내게 해 달라고 부탁하고, 레옹은 어쩔 수 없이 마틸다를 떠맡게 된다. 마틸다는 자신이 이 세상에서 유일하게 사랑하던 동생을 죽인 놈들에게 복수를 다짐하고 하루하루 레옹에게 살인 기술을 배워 기회를 엿본다.
레옹은 처음에는 어쩔 수 없이 이 어린 이웃집 소녀를 떠맡았지만 차츰차츰 애정을 느끼게 된다. 마틸다 또한 이전에는 느껴보지 못한 가족애를 느끼며 레옹에게 의지하지만, 마틸다는 무모하게 원수를 찾아가 복수를 시도하는데…
