거대한 매머드가 북미 대륙을 거닐던 아득히 먼 옛날, 세 명의 형제가 살고 있다. 키나이(Kenai)는 세 형제 중 막내이며, 토템 의식을 받는 중이다. 키나이가 인생을 잘 헤쳐나갈 수 있도록 북아메리카의 부족 주신이 치러주는 의식이다. 부락의 무당인 타나나는 키나이에게 사랑의 의미를 담은 징표로서 조각한 곰의 토템을 건네준다. 그러자 키나이는 이에 몹시 실망한다.
내심으로는 큰형 시트카가 받은 독수리 토템(지도자의 상징)이나 둘째형인 데나히가 받은 늑대 토템(지혜의 상징) 등 더 중요한 징표를 바란 것이다. 시트카가 키나이를 위로하려고 애쓰는 반면 데나히는 키나이를 심술궂게 놀리기만 한다.
토템 의식이 있은지 바로 얼마 뒤, 키나이는 곰 한마리가 나타나서 자신들의 물고기 광주리를 훔쳐간 사실을 발견하고는 발끈한 나머지 곰을 뒤쫓아 나선다. 나머지 형제들은 키나이를 지켜주기 위해 동생을 찾아 나선다. 곰과 피할 수 없는 대치 상황에 처한 시트카는 몸을 던져 빙하를 깨뜨림으로써 동생들의 목숨을 구한다.
데나히의 간곡한 충고와 형제애에 관하여 그동안 배워왔던 부족의 가르침을 무시한 채 키나이는 큰 형의 목숨을 앗아간 곰을 찾아간다. 불리한 상황임에도 키나이는 곰과 끝까지 싸워서 곰을 때려눕힌다. 바로 그 순간 북극광의 형태를 한 부족 주신이 키나이에게 내려와서는 키나이를 그가 가장 저주하는 모습의 동물로 변형시켜 버린다.
그 때, 데나히가 막내 동생이 원수같은 곰을 찾아 떠났다는 사실을 알아내고는 키나이가 막 곰으로 변형된 장소에 나타난다. 막내 동생의 찢겨진 옷과 부러진 창을 밟고 서 있는 곰의 모습을 본 데나히는 동생마저 큰 형을 죽인 곰에게 당한 것으로 판단한다. 격분한 데나히는 자신의 평화로운 철학을 버리고 동생마저죽은 곰을 찾아내서 반드시 죽여버리겠노라고 맹세한다.
한편, 키나이는 곰의 몸에 적응하느라 죽을 고생이다. 그때 부족의 무녀인 타나나가 나타나서 키나이에게 이렇게 일러준다. “널 곰으로 변형시킨 건 큰형 시트카의 영혼이야. 네가 빛이 대지와 맞닿는 산으로 찾아가면 거기서 형을 만날 수 있을 거야.” 키나이는 그곳에 어떻게 찾아가야할지 모른다. 절망감에 빠진 키나이는 캐나다 액센트를 가진 두 마리의 수다쟁이 사슴들의 러트와 투크를 만난다.
키나이는 자신의 곤경을 털어놓고 어디에서 빛이 산과 만나는 곳을 찾을 수 있는지 도와달라고 한다. 사슴 형제는 키나이가 돌았다고 생각하고 무시한다. 설상가상 격으로 덫에 걸린 채 나무에 거꾸로 매달리는 신세가 된 키나이는 자신의 운명이 점점 더 위험해지고 있다는 것을 감지한다.
그 때 ‘코다’라는 이름의 수다쟁이 어린 곰이 나타나서 도와주겠다고 한다. 체면이 구겨진 키나이는 코다의 도움을 완강하게 거정한다. 그렇지 않아도 원수같은 곰인데 어찌 곰한테서, 그곳도 새끼 곰에게 도움을 받겠는가! 코다는 엄마와 함께 있다가 길을 잃었는데, 엄마를 만나려면 연어 사냥터에 찾아오라는 말을 들은 기억을 되살린다. 그렇지 않아도 코다에게는 엄마한테 데려다 줄 큰 곰이 필요했던 것이다.
고민 끝에 키나이는 자기를 나무에서 내려주는 조건으로코다를 연어 사냥터에 데려다 주겠노라고 약속한다. 이제 키나이와 코다는 모험과 발견을 위한 험난한 여정을 떠난다. 분노한 데나히는 곰이 키나이마저 죽였다고 오해하고, 그 때 마주친 곰(키나이)을 찾고 있다. 그 곰이 실은 자기의 동생이라는 사실을 전혀 모른 채! 한편 코다와 키나이는 빙하 동굴과 서릿발이 몰아치는 툰드라 동토대, 유황 간헐천 평야, 그리고 언제 낙석이 추락할지 모르는 골짜기 등을 지나 북미 대륙을 관통하고 있다.
연어 사냥터에 도착한 키나이는 자신이 알고 있었던 모든 것에 의문을 갖기 시작한다. 어울러 진정한 형제애의 의미에 관해 많은 중요한 것들을 배우게 된다. 궁극적으로 키나이는 자신의 내면에서 일어난 변화에 비하면 육체의 변형은 중요하지 않다는 것을 깨닫게 된다. 마침내 데나히가 현장에 도착하는데…
