1860년 파리 오페라 하우스. 새로운 극단주 앙드레와 피르맹, 그리고 후원자인 라울 백작은 ‘한니발’ 리허설을 감상하는 가운데 갑자기 무대장치가 무너지는 사고가 발생한다. 사람들은 오페라의 유령이 한 짓이라고 수근대고, 화가 난 프리마돈나 칼롯타는 무대를 떠나버린다.
발레단장인 마담 지리의 추천으로 크리스틴이 새로운 여주인공을 맡게 되고, 공연은 대성공을 거둔다. 크리스틴은 축하객들을 뒤로하고 대기실에 혼자 남게 되는데, 거울 뒤에서 반쪽 얼굴을 하얀 가면에 가린 채 연미복 차림의 팬텀이 나타나 마치 마법이라도 걸듯이 크리스틴을 이끌고 미로같이 얽힌 지하 세계로 사라진다.
크리스틴의 실종으로 오페라 하우스는 일대 혼란에 빠지고, 팬텀은 극단주에게 자신의 요구에 응하지 않을 시 크리스틴도 돌려보내지 않고 큰 재앙을 내리겠다고 경고한다. 그러나 기회를 주겠다며 크리스틴을 돌려보낸 팬텀과 달리 극단은 그의 협상을 모두 무시하고, 오페라 하우스는 괴사건에 휘말리며 문을 닫기에 이른다.
한편, 지하세계에 끌려갔다 온 후 크리스틴은 팬텀의 공포에 날마다 시달리고 크리스틴을 위로하던 라울은 그녀와 사랑을 맹세한다. 이들의 대화를 엿들은 팬텀은 사랑과 질투에 싸여 복수를 결심하는데… 과연, 오페라 하우스와 팬텀에게는 어떤 비밀이 숨겨진 것일까?
