지리멸렬한 월남전에 회의를 느끼고 있던 윌라드 대위(마틴 쉰)에게 새로운 임무가 떨어진다. 미국의 전설적인 군인이었던 커츠 대령(말론 브란도)을 제거하라는 미군 당국의 비밀스런 지령인 것이다. 커츠 대령은 이미 군의 통제를 벗어나 캄보디아에서 자신의 독자적인 부대와 왕국을 거느리고 있는 불가사의한 인물이다. 정부의 기밀임무를 맡은 윌라드 대위와 아직 전쟁의 실체를 경험해 본 적이 없는 4명의 병사들은 커츠 대령을 찾기 위한 험난한 여정을 시작한다.
그들은 우선 캄보디아로 흐르는 강을 타기 위해 킬고어 대령(로버트 듀발 분) 부대를 만난다. 서핑을 위해 전투를 벌이는 광적인 서핑 매니아이자 바그너의 ‘발퀴레’선율을 타고 적에게 포탄을 퍼붓는 킬고어 대령은 전쟁광이다. 또한 연료부족으로 정글에 갇힌 플레이걸들을 만나 즐거운 시간을 갖기도 한다. 그러나 처참한 전투와 보이지 않는 적의 습격은 윌라드 일행에게 두려움과 공포를 가져오고 그들은 점차 이성을 잃어가게 된다. 여기에 식민지 시대의 삶을 고수하고 있는 프랑스인들과의 만남은 그들에게 이 전쟁에 대한 실체를 깨닫게 한다.
마침내 윌라드 일행은 생사를 뛰어넘어 최종 목적지에 도착한다. 잘려진 머리와 썩어 가는 몸뚱이들이 산재한 커츠 대령의 왕국이 바로 그 곳이다. 윌라드 대위는 이 잔혹한 왕국의 신으로 군림하는 커츠 대령을 만나게 되고, 그를 통해 베트남 전쟁의 악몽과 더불어 점차 미쳐가고 있는 자신을 발견하게 된다.
