동학 초대교주 수운(김길호)은 혹세무민했다는 죄명을 받고 처형당하고, 2대 교주 해월(이덕화)이 어렵게 동학 포교활동을 이어간다. 관으로부터 동학이 탄압을 당하자 해월은 가족을 남겨 둔 채 태백산으로 숨어 들어간다. 부인 손씨와 4명의 딸들이 박해를 받는다는 듣고도 수를 쓸 수 없는 해월은 괴로워하다 가족이 죽었으리라 생각한다. 산중에서의 시간이 길어지면서 해월은 그를 돌보던 노인의 과부며느리 안동 김씨와 결혼한다.
안정을 되찾은 해월은 강시헌 선생과 만나 동학경전을 출판한다. 그리고 죽은 줄 알았던 손씨 부인과 재회하게 되고 서로의 처지에 안타까움을 감추지 못한다. 삼정(三政)은 문란해지고 민중들의 분노가 치솟게 되자 그 혼란은 동학난으로 이어진다. 동학난은 관에 의해 저지를 당하고 해월 역시 밀고로 붙잡혀 1898년 수많은 군중이 지켜보는 가운데 참형을 당한다.
