서기 2029년, 수많은 전쟁은 과학 기술의 발달을 급속도로 촉진시켰고, 사이보그에 대한 기술도 놀라운 성장을 보였다. 부상이나 사고에 의해서, 혹은 필요에 의해서 사람들은 점점 더 사이보그 바디로 대체하고, 전쟁이나 위험한 일 뿐만 아니라 일상 생활에서도 사이보그는 인간이 살아가는데 없어서는 안될 존재가 되어버렸다. 모든 생활이 네트워크로 이뤄지는 정보화 시대가 되었다.
평화롭지만 수많은 간교와 계략이 난무하는 시대에, 정체불명의 해커가 나타나 전세계를 표적으로 테러를 벌인다. ‘ 인형사’라 불리우는 해커는 인간의 두뇌를 해킹하여 사람들의 의지나 기억을 조작할 수 있을 정도로 천재적인 테러리스트이다. 심지어는 정치인이나 고위 관리직에 있는 사람들의 의지까지도 조작할 수 있는 위험한 인물이다. 실마리조차 잡히지 않는 이 사건을 위해 공안 9과에서 활동중인 사이보그 테러진압부대 공각기동대가 출동한다.
인형사의 정체는 좀처럼 드러나지 않는 가운데, 의문의 사이보그가 9과로 전해지게 되고, 9과에서는 이 정체불명의 사이보그가 영혼을 갖고 있다는 것을 알게 되는데, 6과에서는 이 사이보그를 회수하러 오고, 사건은 더욱 더 미궁으로 빠진다. 6과의 개입으로 더 혼란에 빠진 사건, 이제 사건을 해결할 수 있는 것은 공각기동대 뿐인데…
