아주 먼 옛날 은하계 저편에…은하계 외곽을 연결하는 무역항로의 세금 문제로 은하계 공화국이 분쟁에 휩싸이게 된다. 무역항로를 독점하려는 무역연합 무리들이 전함을 동원, 나부 소행성의 무역로를 막아버린 것이다. 공화국 의회에서 이 심상치 않은 일련의 사건이 논의되는 동안 의장은 비밀리에 은하계의 평화의 수호자이자 정의로서 두 명의 제다이 기사를, 분쟁을 해결하기 위해 급파한다.
은하계 외곽 지역 무역권을 놓고 분쟁이 일기 시작하면서 고요하고 평화롭던 은하게는 순식간에 전쟁의 위험에 처한다. 은하계의 무역 항로를 장악하려는 연합 무역 집단은 전투함을 출격시켜 아미달라 여왕(나탈리 포트만 분)이 통치하는 나부 행성을 고립시키고 은하계 원로 회의는 평화를 지키기 위해 두 제다이 퀴곤 진(리안 니슨 분)과 오비완 캐노비(이완 맥그리거 분)를 분쟁 지역에 파견한다.
우여곡절 끝에 해저족 자자 빙크스(아메드 베스트 목소리 분)을 알게 된 퀴콘 진은 우주선을 수리하기 위해 타투인 행성에 들리고, 그는 이 행성의 노예 구역에서 어머니(페닐라 오거스트 분)와 살고 있는 살고 있는 8세의 아나킨 스카이워커(제이크 로이드 분)라는 소년을 만난다.
퀴곤 진은 아나킨에게서 강력한 포스의 힘을 느낀다. 그는 아나킨이 예언에 나와있는 미래의 은하계를 구할 수 있는 유일한 인물이라 믿고, 아나킨을 노예신분에서 해방시키기위해 동분서주한다. 이에 아나킨은 퀴콘 진의 도움으로 계곡을 곡예 비행하는 자동차 경주에 참가, 경쟁자 세불바(루이스 맥로드 목소리 분)를 따돌리고 우승하여, 주인 와토(앤드류 세콤비 분)에게서 해방된다.
한편 나부 행성이 침입을 받은 아미달라 여왕은 은하계 원로 회의에 도움을 청하지만, 은하계의 질서를 유지하기 위해 설립된 원로 회의는 사실상 힘을 상실한 상태였고 나부 행성은 위험에 처한다. 우주와 지상 양쪽에서 전면전이 벌어진다. 퀴곤 진은 무역 집단의 우두머리로 제다이 기사들마저 염려하는 강력한 존재인 흑검사 다스 시디어스(이안 맥디아미드 분)의 제자 다스 몰(레이 파크 분)과 대결하다가 죽고만다.
다행히 오비완이 다스 몰을 무찌르고, 마침내 소년 아나킨의 활약으로 연합 무역 진영의 본함을 폭파시킴으로써 아미달라 여왕에게 승전을 안겨준다. 은하계 원로 회의 의장으로 선출된 세니트 행성의 팰퍼타인(이안 맥디아미드 분)과의 협정에서 평화를 약속 받은 아미달라 여왕은 백성들의 환호가 기다리는 나부 행성으로 돌아온다.
