1934년 여름 히틀러가 집권하자 안네(밀리 퍼킨스) 가족은 프랑크프루트를 뗘나 네덜란드 암스테르담로 간다. 나치 집권하의 불안한 생활 가운데에서도 안네의 가족들은 한동안 평화로운 생활을 계속한다. 그러나 1941년 독일군이 네덜란드를 침공하고 암스테르담에서의 유태인 검거와 처형이 더욱 심해지자 안네의 가족은 불안한 나날을 산다.
그로부터 1년 후 안네의 언니 마르코프가 출두 명령을 받게 되고 다음 달, 안네의 가족을 비롯하여 반단씨(루 자코비 분) 가족과 그의 아들이자 안네의 연인 피터(리차드 베이머 분)등은 은둔 생활에 들어간다. 그러나 2년이 넘는 시간동안 은둔생활을 계속하다 게슈타포에 의해 발각되어 유태인 수용소를 전전하다가 그 다음해 안네의 아버지만을 제외한 모든 사람들이 죽음을 당하게 된다.
세월이 흘러 독일이 패망한 후 안네의 아버지는 자신의 가족들이 독일군의 눈을 피해 숨어 지냈던 다락방에서 안네의 일기장을 발견한다.
