1963년 10월 16일.쿠바 항공을 정찰 중이던 U-2 비행기는 핵미사일이 쿠바로 옮겨지는 것을 포착한다. 이 미사일은 미국을 단 5분만에 날려버릴 수 있는 소련제 최신 중거리 탄도미사일. 미 대통령 존 F 케네디는 즉시 그의 동생인 로버트 F 케네디와 보좌관 케네스 오도넬을 중심으로 EXCOMM(Executive Committee of the National Security Council)을 소집하고 비상체제에 돌입한다.
군부는 현재상황을 명백한 도전으로 간주, 전쟁을 준비하자고 제안한다. 하지만 케네디는 제3차 세계대전까지 번질 수 있는 현상황에 냉정을 유지한다. 미사일 장착시간까지 남은 기간은 13일! 눈 앞에 다가온 핵전쟁의 위협은 점점 커져만 가는데…
