태권도 수련을 마치고 세계 선수권 대회 승리를 거머쥔 ‘훈’. 그러나 훈과 결승전을 벌였던 미국 선수와 그 밖에 패배한 선수들이 사라진다. 훈의 아버지이자 로보트태권V를 개발하던 과학자 김박사는 이 사건이 세계 과학 심포지엄에서 외모 때문에 공개망신을 당한 뒤 복수를 다짐한 천재적인 물리학 박사 카프의 소행이라 의심한다.
한편, 카프의 딸이라며 찾아온 인조인간 메리가 일당들과 태권V 설계도를 훔치던 중 김박사에게 총을 쏘고 달아나고 훈은 김박사의 유언에 따라 끊임 없는 훈련 끝에 태권V와 일체가 된다. 일련의 사건들이 지구정복을 꿈꾸는 말콤 일당이 이끄는 붉은 제국 소행이었음이 밝혀지고 훈은 태권V와 출동, 그들과 일격의 대결을 펼친다. 카프 박사와 말콤이 이끄는 붉은 제국, 그리고 악의 무리와 최후의 혈투를 벌이는 태권V.
