지각을 하는 바람에 학교 담을 넘어 등교한 민아(김민선)는 수돗가에서 우연히 붉은 색 표지의 일기장을 줍는다. 같은 반 친구인 시은(이영진)과 일 년전에 있었던 기묘한 행동으로 아이들에게 따돌림을 받고 있는 효신(박예진)의 교환일기. 영화는 민아가 숨어서 읽는 일기의 내용과 현재의 시은과 효신의 이야기가 교차되면서 전체적인 윤곽이 잡혀가게 된다.
육상부로 늘 교실 뒷자리에 조용히 앉아있는 시은. 그녀에게 외톨이 효신은 유일한 친구이다. 중성적인 외모의 시은과 나이보다 성숙해 보이는 효신이 함께 어울리면서 아이들 사이에선 친구 이상의 관계라는 소문이 퍼지게 된다. 우연히 일기를 읽게 된 민아는 소문과 일기속 진실 사이에서 혼란스러워하다가 결국 이 둘을 이해하게 된다.
그러나 둘의 관계는 교환일기를 먼저 제안했던 효신이 시은에게 지나친 집착을 보이면서 갈등을 빚게 되고, 효신이 학교에서 자살을 함으로써 학교 전체가 혼란에 빠지게 된다. 효신의 자살로 충격을 받은 아이들은 극단적인 냉소를 보이거나 갑작스런 동정심에 빠지는 쪽으로 양분되고, 민아는 혼자만 갖고 있어야 할 비밀들 때문에 괴로워한다.
한편, 효신의 자살 직전에 함께 있었던 시은은 의심을 받고 민아는 시은을 도우려 하지만 시은은 쉽게 마음을 열지 않는다.
